Kalenin yapılış tarihi hakkında henüz bir malumat bulunmamaktadır. Urartular dönemine ait  Süphan Dağı eteğinde her tarafı kayalık olan bir mevkide inşa edilmiş olan  “Kefir Kalesi” bulunsada Ahlat’ta bu döneme ait bir kalenin  varlığı hakkında herhangi bir malumatımız yoktur. Yapılan araştırmalar ve incelemeler  Ahlat’ta, Harabeşehir ile Taht-ı Süleyman Mahallesi arasında yer alan bir tepe üzerinde kurulu iç kalenin Romalılar tarafından yapıldığını göstermektedir. Sırasıyla Bizans ve İslam dönemlerini geçiren kale XI. yy.da  Selçuklular’ın hakimiyetine girmiş, bu dönemde tamir edilen kale, Sökmenliler  döneminde Erzurum hükümdarı II. İzzeddin Saltuk’un kızı Şah Banu tarafından yıktırılarak, kırk burcu ile mimar Karakuş adlı kişiye yeniden yaptırılmıştır. Bu dönemde en parlak devrini yaşayan kale, Celaleddin Harezmşah’ın 1229 yılında, on ay süren  kuşatmasında tahrip edilmiştir. Ancak Türkiye Selçuklu Devleti Sultanı Alaaddin Keykubat’ın şehri almasından sonra bu kale de yeniden onarılmıştır. Daha sonra yörede meydana gelen şiddetli istilalar ve afetler, Ahlat şehri gibi kalesinin de yok olmasına sebep olmuştur.

        Doğu Romalılar tarafından yapılan, Selçuklular tarafından tamir edilip genişletilen bu kale Harabeşehir, Taht-ı Süleyman Mahallesi, İkikubbe ve Kulaksız Mahallelerini de içine alan büyük bir kale durumunda idi. Ancak büyük ölçüde tahrip olan  bu kalenin izlerini tespit etmek  bugün mümkün değildir.

        Eski Ahlat adı verilen “Harapşehir” ile yeni Ahlat adı verilen şimdiki Ahlat merkezi arsında göl kenarında bulunan bu kale ismini Osmanlılar döneminde  yapılmış
olmasından dolayı alır. Kayıtlarda kalenin yapımına Yavuz Sultan Selim Han döneminde başlandığı, Kanuni Sultan Süleyman tarafından da bitirildiği ve Mimar Sinan’ın bir eseri olduğu belirtilmektedir.  Bazı kaynaklarda yapımının II. Selim döneminde bitirildiği yazsa da  bu zayıf bir ihtimaldir.

        Evliya Çelebi Seyahatnamesinde  kalenin etrafının 3000 adım ve 13 kuleden müteşekkil olduğunu yazar. Bunun yanı sıra yine aynı eserinde Evliya Çelebi , kalenin içinde 350 tane mamur ev , bir han , bir hamam, bir camii ve 20 kadar dükkanın olduğunu da kaydeder. Bundan başka, göl kıyısındaki  kayıkhanede harp kayıkları  daima hazır bekler ve kalede her gece mehter çalınırdı.

        Bayındır Kümbeti’nin hemen bitişiğinde bulunan bu mescidin 1477’de Rüstemoğlu  Bayındır tarafından yaptırıldığı anlaşılmaktadır.Mescid duvarındaki kitabede “Amel Baba Can”  adı okunur. Bu mimar kümbet ve camii yapmıştır.

        Yavuz Sultan Selim zamanında yapımına başlanılan, Kanuni Sultan Süleyman  zamanında yapımı tamamlanan bu camii, Osmanlı Kalesi içinde bulunup, Kanuni Sultan Süleyman’ın vezirlerinden İskender Paşa tarafından 1564-1565’te yaptırılmıştır. Yanında birde hamamı bulunan bu camiinin hamam kısmı bugün  hemen hemen tamamen yıkılmış durumdadır.

        Osmanlı Kalesi içindeki bir diğer önemli yapı da  bu camiidir. Yazıtta Kadı Mahmud’un adıyla 1584 tarihi bulunmaktadır. Kare planlı bir camiidir. Bu plan Ahlat’taki Osmanlı camiilerinde genel olarak görülür. Camiinin kare plandan kubbeye geçişini sivri kemerli tromplar  sağlar. İç kubbeyi sekizgen kasnak üzerinden yükselen piramidal  çatı kapatır. Bu camii için söylenebilecek  bir diğer önemli özellik ise sadece kesme taş kullanılarak yapılmış olduğudur.